只有神明才能打败神明，只有使徒才能打败使徒。
E计划，便是打造属于人类的使徒。
靠着从南极获得的亚当生物样本，克隆复制，制造出了终极泛用人型决战兵器EVANGELION零号机；在黑之月里发现了莉莉丝之后，以莉莉丝的身体为素材，打造了EVA初号机。
制造的问题解决了，那么驾驶操作的问题就摆在了面前，从黄金黎明这里他们并没有得到相应的技术。
而在明确了有灵魂的存在之后，人工进化研究所提出了两种办法。
人工制造的使徒，是没有灵魂的存在，那么，把人类的灵魂寄宿在这具空虚的躯体当中，再让驾驶员搭乘EVA，两个灵魂同步，就可以成功地驾驶EVA了。
而在这入驻EVA的灵魂与驾驶员的关系，最好是双胞胎，同卵双胞胎，并且是那种极具天赋，存在着心灵感应的双胞胎，能够模糊或清晰地感受到对方的存在，某种程度上能够达到思维的同步。
有人说，这种双胞胎在灵魂上是同一个人，而这灵魂上的关系，使得驾驶员可以靠着双生子之间的关系掌握EVA。
这一方案代号为幽冥骑士计划。
另外一个方案，是以母亲的魂进入EVA当中，让其子女成为驾驶员。
提出来这个方案的碇唯，没有让别人牺牲，而是选择牺牲自己，把自己灵魂融入了初号机当中，把自己的生命赌在了人类的未来当中。
碇唯是了解人类补完计划的，建设EVA用来抵抗使徒她是同意的，但是反对人类合而为一，她这样做，是必要的牺牲。
失去了灵魂，碇唯的身体无法维持，溶解成了LCL液体。
而亲眼目睹这一切的碇真嗣，无法承受这一切，精神世界都快崩溃了，留下了巨大的心理阴影，变得自闭起来。
不过，作为预定的EVA初号机驾驶员，碇唯这样做也是一种必要的选择。
驾驶员的心理问题越严重，心之壁垒就越厚，展开的AT力场也就越强大。
而在几乎是差不多的时间，在德意志那边，EVA的二号机实验中也出现了类似的情况，只不过参与实验的人员只是一半的灵魂融入了二号机当中，但这也导致对方发了疯——而那个人员的女儿，便是预定的二号机驾驶员惣流·明日香·兰格雷。
袁大古知道这一点，却是来自黄金黎明的消息，在实验事故之后，对方的机构便联络上了黄金黎明，希望得到黄金黎明的帮助——毕竟有大脑植入芯片的前例在，补全大脑机能，让该人员恢复正常，成为了一个重要的猜想。
不过，灵魂方面的问题，和大脑损伤是两码事，黄金黎明这边终究是无计可施。
而在碇唯消失之后，碇真嗣就被他的父亲碇源堂送到了亲戚家，而SEELE准备趁机对碇真嗣施加影响，让这个问题儿童变得更加自闭，从而操控着他，走上人类补完计划的道路。
再然后碇真嗣就落到了黄金黎明的手中，被送到了袁大古这里。
至于碇源堂这个人，他也是一个妙人，对于碇真嗣这个亲生儿子，他的感情并非是爱而是嫉妒，嫉妒这个儿子分走了碇唯的爱。
为什么婆媳关系紧张，那就是当婆婆的嫉妒媳妇分走了她的儿子。