自从发现只要不主动招惹黄金黎明和袁大古，并且没有利益上的冲突，自己这边所采取的任何行动都不会受到影响，SEELE就发现该如何行动。
但是，事与愿违。
黄金黎明偏偏在很多地方与SEELE有着太多的冲突，并且在蘑菇蛋事件之后，黄金黎明这边的行动变得非常地直接，遇到SEELE拦路，直接毫不留情地碾压过去，甚至是不计成本的。
你SEELE想要做什么，我们黄金黎明就不让你办到，别的就不做，就是打你。
并且在SEELE内部，也出现了分裂，不过不是SEELE组织本身的元老，而是下属的一些机构与人员，虽然名义上是SEELE的下属部门，但他们地人类补完计划一无所知，现实中是在黄金黎明里工作，然后不可避免地受到了黄金黎明的影响。
人总是善变的，无论是理念还是在实际工作中感受到的，黄金黎明吸引了不少人。
总的来说，磕磕绊绊地，世界的局势稳定了下来。
在暗中操作下，SEELE成立了人类补完委员会，并借此走上台前，他们实质性地把控了许多国家，通过操控那些国家才得以成立这个委员会，而这个委员会内部的五名成员，全部有SEELE的元老担任。
从某种意义上，SEELE掌握了半个人类文明的国度，几乎可以为所欲为。
但是，与其分庭抗争的力量却也是存在的，那就是黄金黎明。
如今的黄金黎明已经不再是一个教派，而是一个跨区域的合作组织，许多不愿意受到SEELE摆布的地区邀请了黄金黎明的帮助，获得了资源、技术等方面的支持，然后在灾难后进行重建的过程中与黄金黎明的关系越来越深，出现了你中有我我中有你的局面。
不是黄金黎明选择了他们，而是他们选择了黄金黎明。
比起SEELE那种妄图掌控整个世界的组织，黄金黎明这里可就太好了——从末日当中拯救人类，带领人类脱离地球这个摇篮迈向太空。
黄金黎明所做的一切，都是为了这个目的，无论是过去还是现在，都是如此。
然后，第二次冲击之后的社会秩序、工业、经济重建，就由黄金黎明与SEELE两股实力的控制下进行的，双方组织的地位由此水涨船高。
在掌握了半个人类社会之后，SEELE开始了自己的计划，人类补完委员会成立之后，在上世纪末建立的人工进化研究所成为了这个委员会的下属部门，因此获得了大量的资源倾斜，并开始调查第二次冲击出现的原因，并对第三次冲击进行观测。
而私底下，人工进化研究所也开始了对于使徒的研究，建造EVA的E计划也在快步进行当中。
并且，人工进化研究所的权限也被不断地增强，甚至SEELE还把军事权限移交给这个机构。
这一切，都是为了人类补完计划这个剧本。
黄金黎明这边就纯粹得多了，带领人类迈向太空的工作虽然重要，但目前首先是恢复正常的人类社会秩序。