“可能是我经常锻炼的缘故吧。”
“精神比较好。”
“另外我也想早点,把酶催化项目结题,实现工业革命的重塑。”
在深度睡眠等各项能力加持下,让他相比较其他人有更多的学习时间,且把自律当成了一种正向反馈。
所以加班到这个时候,完全再正常不过。
至于其他人,也就只能在心里崇拜。
把徐铭的话悉数听进耳中,周启深不由心中一动,下意识试探性询问了句。
“关于蛋白质结构的初步设计,进行的怎么办了?”
“截止今天晚上,我们已经积累了两千个初步设计,且目前和超算中心方面取得了联系,从明天开始就会正式开展第一轮筛选。”
徐铭沉声讲述道:
“借助超级计算机的算力,能省去大量时间。”
在这高达两千个初步设计方案中,其中绝大部分都无法得到想要的蛋白质结构。
如果单靠人力进行实验来试错,那么无论科研经费还是研发周期,都会出现一个恐怖的数倍增长。
但借助超级计算机和多尺度动态计算模型,则可以快速筛选掉一大部分设计。
然后再通过他对结果洞察,确定最符合学术条件的方案去具体实验,若一切过程顺利的话,那么用不了多长时间就能得到理想蛋白质结构。
成功合成需要的人工酶。
感受着徐铭语气中散发出的自信和胸有成竹,周启深也不由得松了口气。
身上自己给自己的压力,顿时减轻许多。
“看来今晚我是来对了,真让人期待啊!”周启深脸上堆出灿烂笑容。
翌日。
徐铭同全体议题组员,接入超算中心会议室,把初步设计方案序列,输入到模型的快速评估模块。
“序列正在输入。”
“筛选标准为,折叠自由能低于-8.0千卡每摩尔,金属簇结合能预测值低于-12.0,底物结合通道在分子模拟中至少保持开放10纳秒。”
“计算开始。”
房间内两地同步播报声音响起,两千个设计被转化为数学模型。
在数字宇宙中经历严酷的演化压力。
有些序列理论上根本无法折叠;有些能折叠,但形成的口袋形状偏离要求;有些虽能结合金属簇,但静电梯度完全错误。
伴随着一个个设计被筛选出局,留下可行性最高的极少部分方案。
整个快速筛选共持续了十二个小时。
众人一直待到了晚上九点,终于拿到筛选结果。
“徐院。”
“根据报告显示,在所有设计中,有13个在100纳秒模拟中保持了结构完整性。”
“金属簇稳定结合,底物通道保持开放。”
路川强忍着心中剧烈的情绪波动,当着全体组员的面向徐铭汇报,关于超级计算机对设计的筛选结果。
在这13个通过筛选的设计中,很有可能就存在,实现酶催化所需的全新蛋白质结构。
关键仅用了半个多月时间,就走到了这一步,放到以前他参与项目时,可以说连想都不敢想。
偏偏徐铭将其变成了现实。
当然他非常清楚,之所以能快速筛选,要归功于徐铭除数学和化学之外的信息算法水平,否则换成别人想把这些设计从两千筛选到十几个,花费几年时间在数学界都是件很正常不过的事情。
甚至最终还得不到一个好的结果。
对于这份报告,周启深同样喜不胜收,下秒接过报告激动的搭话。
“可以开始合成了。”
“十三个序列,依次做密码子优化,合成基因,构建表达载体。”
然就在他话音落下的同时,却见位于主座的徐铭摇了摇头提出不同意见。
“还是太慢了,要做二轮筛选。”
“二轮筛选?”周启深眼神中流露出惊讶。
在他看来只是对十三个设计合成,所需花费的时间和实验次数是能够接受的,只要其中有一个设计,能通过最终的催化反应实验,那么便代表这项现代化学绝症,被彻底解决治疗好。
结果徐铭则表示,还要在十三个设计基础上,再次进行新一轮筛选。
徐铭口中的第二轮筛选,自然是由他来执行。
最好通过结果洞察,确认可行性最高的那个,直接省掉后面的合成。
念头停留在这里,徐铭也没卖关子,直接用轻描淡写的语气进行回答。
“我会亲自动手展开二轮筛选,给我几天时间。”
“那好吧。”周启深想了想果断答应下来。
反正酶催化的研究,进展到这里,已然能称得上是无比高效。
多等上几天并无影响。
不过他也没指望,仅一次就可以成功,默默在心里做出了依旧全部进行合成实验的决定。
徐铭并未去研究其他人的想法,拿到那13个设计后便开始分析起来。
而结果正如他想的那样,花费几天时间后,他顺利确认了一个可行性最高的设计。
并认为绝对能彻底攻克酶催化。
当把这唯一的一个设计,拿到周启深面前时,对方震惊的嘴巴能塞进拳头。
“你第二轮筛选,竟然否定了十二个设计?”
“是的。”
徐铭点点头:“让实验室准备合成实验吧,我相信我的判断。”
“我明白了。”周启深短暂怔神后快速反应过来,没有在这件事上过多纠结。
接着立刻召集路川等化学所成员,针对徐铭最后筛选出来的设计方案,开始进行合成构建表达载体。
虽然大家心里面实在难以置信,单纯人力能把超算筛选后的设计再次筛选到仅剩下一个。
但工作起来却丝毫不马虎。
直接由周启深和研究员组建的豪华团队,亲手负责起实验室内的PCR仪和电泳槽等。
凝胶成像系统更是昼夜不停。
三天后。
基因顺利完成合成,测序确认无误。
表达载体构建,蛋白表达纯化,所有步骤都在一周时间内完成。
进入七月份。
让化学研究所和国际数学挑战研究院,最激动和期待的时刻终于到来,即要对这项目标蛋白进行反应测试。
确定是否能达到预期催化效果,在如此短的时间内攻克酶催化。