3年前，一种神秘的T病毒突然爆发，被感染的人会迅速变成活死人一般的怪物，并且被这种怪物丧尸咬中的人也会变成怪物。
人类文明秩序在短时间内很快崩溃，但世界各地残余的人类自发组成了抵抗丧尸的零散组织。
幸运的是，剩余的人类中开始涌现出少部分拥有超能力的人类。
一部分是轮回者，一部分是病毒变异之后存活的幸运儿。
在这部分人类的带领下，残余人类一点一点的扩大根据地。
但不幸的是，这场末日危机背后的神秘组织，也出现了各种超凡者，他们大肆屠杀零星的人类超凡者，导致整个世界再次走到毁灭边缘。
在日本东京，有一处位于地下深处的小型蜂巢城市，这里正是研发出生化危机的保护伞组织。
斯雷特带着他的人造人2号从海星世界回到了总部。
经历了重重安检之后，他来到了总部的一间明亮宽敞的办公室内，见到了他的上级威斯克。
一身黑色紧身衣的威斯克，带着酷酷的黑色墨镜，正在办公室内操控着虚拟屏幕，看到斯雷特回来后，只是审视着他说到:
“斯雷特，你回来了。这次「清道夫计划」完成得如何？”
“Boss，计划泄露了部分，忍界木叶那边应该知道了我们的存在和部分计划！”
然后斯雷特将缘由一一讲述。
威斯克听完之后面色阴沉，立即说道:
“你先继续执行计划，至于其他的，我来想办法！”
“好的！”
斯雷特走后，威斯克的墨镜中突然射出一道红光，一个全息投影生成的红色人影出现，其样貌是一个可爱的金发小女孩。
这正是保护伞公司的人工智能“红后”。
“红后，你也听见了，怎么办？”威斯克沉声问道。
“经过信息比对分析，木叶波风水门有76.3%的概率直接出动，破坏我们在海星的计划，同时影响我们的「清道夫」计划。
联络晓组织，以抗T病毒血清和其他代价请他出手阻拦波风水门，趁此机会，入侵木叶！”
“了解，我这就按计划执行！”
由于某种原因，威斯克是保护伞组织名义上的高层大管家，但背后的掌控者，却是这个已经觉醒出自我意识的人工智能！
在轮回者刚刚降临后不久，红后就意外的觉醒了自我意识，并有了一些特殊的经历，从而彻底掌控了整个保护伞组织，关于这些隐秘情况，生化危机世界的幸存者们表示也很想知道，但这里先暂且按下不表。
正如红后分析的那样，水门正计划着做些准备后就去支援止水，但还未来得及行动，便收到了佩恩的消息。
“波风水门，宇智波带土死亡一事我已知晓，我手中有他关于宇智波斑的情报，涉及九尾之乱的真相，想了解的话现在就来雨隐村吧！”
九尾之乱的真相？
水门想到带土那临死前那没说完的话语，似乎的确涉及宇智波斑。于是他先给止水发了个消息让他先潜伏观察，便匆匆朝着雨之国赶去。