西厂受司礼监领导，提督由司礼监秉笔太监兼任。设二局二司三大队，授三直辖官。
所谓二局，即西厂的两个次级行政单位，执行局与稽查局。而二司则是稽查局下辖的外稽司和内稽司。
圣旨开厂前，“临时西厂”只有执行局。圣旨开厂后，稽查局才正式挂牌开衙。
执行局暂编三个执行大队。每个大队下辖81个12人小队，并设若干斥候骑兵队。主要任务是外驻厂卫和领旨拿人。此外，如果圣上有特旨，还可能接受外派协助钦差。此间，钦差暂领外派执行部队的最高指挥权。
稽查局是文职机构。其中，外稽司负责对厂卫、内官二十四衙门的监察活动；而内稽司则专事对西厂内部的监察。监察的项目包括：任务执行过程、月度财务流水、官员上任前的政审、官员卸任后的清查。
西厂提督、稽查局局长、外稽司司长合称西厂三直辖官，由皇帝本人任免。
执行局局长由西厂提督疏请司礼监上奏皇帝同意。可由厂督兼任，也可另选宦官担任。目前，执行局局长由提督西厂魏忠贤兼任。
稽查局局长不由宦官担任，而由皇帝亲自拣选的妃嫔担任。由于该妃嫔掌内官监察、权势极重，所以在后来稽查局局长也被称为，继皇后和太子生母之后的“第三宫”。为防止后宫干政，“第三宫”晋升皇贵妃或生子后自动卸任。
内稽司司长由稽查局局长奏请皇帝同意，可由局长本人兼任，也可另选宦官担任。目前，内稽司司长由稽查局局长米梦裳兼任。
外稽司司长仍由宦官担任，但不由厂督和稽查局局长任免，而由皇帝本人任免。