进化生物学家把所有道德行为的复杂性，解释为不过就是一个人的自私基因系统在作祟。人大部分的行为当然有明显的目的，但人的举止时常超出这些因素。”内斯所研究的是约定。“动物不会对他者许下附带条件的复杂承诺。它们不会经过协商之后，说：‘如果你将来为我做了什么事，我就为你做什么事。’约定是承诺在未来去做你并不想做的事情。我们大多数人都靠着约定过生活。霍布斯（十六世纪英国哲学家）就发现了这点。他了解到，‘我们有约定的能力才使我们成为人。’
世界上最早有情感的生物是爬虫类和鸟类。卧在蛋上以保持温暖的本能——而不是产下蛋就溜走，使蛋变冷、被压碎或被路过的动物吃掉——显然可增进繁殖力。大多数进化程度比爬虫类高的生物、会喂食年幼者的母亲，像鸟类，其后代存活者较多，这使小鸟长成大鸟继续生育的成功率增加。最早发生的情感，也明显是天择之下的情感，就是母亲与幼子之间，我们所称的母爱。爱可能出现在最早的哺乳类身上，驱使这些生物照顾它们的后代，不被险恶的世界所伤。紧紧陪在子女身边、击退掠食者、全心养育子女的母亲，比不在乎子女受攻击和被掠食者吃掉的母亲，有更多繁衍自己后代的机会。仁爱的母亲生下的子女，比冷漠无情的母亲生下的子女，有更多长大成熟的机会。物竞天择的规律使社会选择了仁慈的母亲。
其他不同的情绪都各有其用处。充满怒气与仇恨的雄性，更能够有力地与其他雄性竞争，他会杀死对手，有利于让自己的性格得以繁衍遗传。会保护配偶的雄性也有竞争优势：把其他雄性赶走、不让他们接近其配偶的雄性，才有机会一次又一次地把自己的基因传给进入繁殖期的雌性。对产子数较少的动物来说，繁衍遗传物质胜算最大的配对，是充满爱与关怀的母亲，配上充满妒嫉与保护性的父亲（反之亦然）。多情的动物有更多繁殖的机会。在竞争激烈的环境里，可被怒气激励的动物胜算较大。爱——性爱、博爱、友情、孝敬、母爱，以及其他所有类似的情绪——以奖赏与惩罚的模型运作。我们会表现出爱，是因为可得到巨大的回报；我们不断表现出爱与保护性，因为失去爱是一种创痛。如果我们不会因为失去所爱而感到痛苦，如果我们只想享受爱的欢喜，但对所爱者遭到杀戮无动于衷，保护性就会远不及现在的我们。悲愁让爱变成自我防卫：我们会照顾所爱之人，以避免自己陷入难受的痛苦之中。
忧郁的生理学进化
忧郁的生化演化与社会演化相关联，但不相同。现在建立的遗传图谱，还不足以让我们了解到底是基因的哪些作用会导致忧郁，但这种状态可能与情绪敏感度有关，情绪敏感度是有研究价值的特质，也可能是意识的结构开启了通往忧郁的道路。当代进化论者正致力研究大脑三分论（或三层次）。大脑最底层的部分，与低等动物爬虫类似的脑，是本能的中心。中间层是边缘系统，存在于较进化的动物脑中，是情绪的中心。顶层，只存在于如灵长类与人类等高等动物脑中，是感知的脑，与理智和高级的思考形式有关，也与语言有关。大多数人类行为都与这三层次的脑相关。以著名进化论学者保罗·麦克林的角度来说，忧郁显然是人类才有的烦恼。它是三层脑运作的集合：本能、情绪与感知同时进行的必然结果。三层次脑有时候对社会逆境无法协调反应。从理论上说，当一个人本能退缩的时候，应该会感觉到情绪的负面反应和感知的重新调整。如果三者同步运作，人会感受到正常、非忧郁的退缩，摆脱造成大脑本能钝化的行为或环境。但是有时候，大脑的理性会抗拒大脑的本能。例如，人的本能层次是退缩，但却感到激发的情绪与愤怒，这会造成剧烈的忧郁。或是说，本能层次是退缩，但却刻意决定抗拒原本的意图，因而使自己遭受沉重的压力。所有人对这类冲突都不陌生，这也的确会造成忧郁或其他失常。麦克林的理论，完全合乎我们所谓超乎大脑目前演化能力的说法。
牛津大学的提摩西·克劳相信（但生理学家激烈反对）灵长类的大脑是对称的，而人类之所以为人类——物种形成的特点——就是大脑不对称（他根据x光片显示男性大脑的变化，以十分复杂的遗传论点为基础来提出这个观点）。在灵长类演化成人类的过程中，由于大脑的体积随身材变化而增长，这种变化让两侧大脑演化出某种程度的独立性。这开启了自我意识的发展，一种发现自身为自我的觉醒。许多进化论学者说，这原本只是小小的突变——与大脑两侧成长因素有关的突变——在持续演化的情形下变成深具意义的不对称。
大脑的不对称性接下来成为语言的基础，左脑陈述或处理右脑的概念和知觉。语言能力位于大脑的两侧，这是从中风患者身上得到的证据。左侧脑中风的病人可以理解概念和察觉物体，但无法叫出任何东西的名字，也无法言语或获取语言的记忆。这不单单是发音的问题。左脑中风的聋者可以做出表情和手势（所有人类和灵长类都有这种能力），但他们无法使用手语，也无法理解我们将词语组织成句子、把句子组织成段落的复杂文法。另一方面，右脑中风的病人保有知性的能力，但失去了概念和感情这些平常可自然表达的能力。他们无法进行复杂的抽象思考，情绪能力也遭受严重的波及。
什么样的解剖学结构使我们有情绪障碍的倾向？克劳曾指出，精神分裂和情绪障碍可能是我们为大脑不对称所付出的代价——他把人类的成熟、感知和语言都归于相同的神经演化结果。他接着指出，所有的精神障碍都是正常的左右脑互动变得混乱的结果。他解释说：“二者的沟通可能会太多或太少；如果有一侧大脑不一致，就会造成精神障碍。”克劳认为不对称性提供了“更高的互动弹性”、“更强的学习能力”，以及“更大的同类生物沟通能力”。但是这种演化结果减缓了大脑成长的速度，使人类的成熟速度比其他生物都缓慢。但成人大脑的可塑性也比其他成熟的动物高——年岁大的狗学不会新把戏，但老人可以学会全新的肌肉活动方法，适应行动不便的晚年。