明朝重修嘉峪关、明长城，重建肃州城，又设立关西七卫，其主要目的也只是防御性的，纵观明朝二百七十六年，整个政权对西域都没有什么兴趣。
甚至在吐鲁番国进攻哈密的战争中，明朝下令放弃嘉峪关以西所有土地，彻底封闭嘉峪关断绝了中原和西域的交流。
像敦煌这样的超级工程，如果没有政府力量的支持那么他最终的结果也就不言而喻了！
最后一个原因自然是宗教了！
敦煌最后被迫放弃修建维护的最重要原因还是在西域宗教变迁这条根儿上，正德年间敦煌就曾经被吐鲁番汗国所攻破，而到了嘉靖三年明朝实在无法维持嘉峪关以西的防务，不得已封闭嘉峪关彻底抛弃了关西的子民。
而这个时候西域也就是历史上最大宗教变迁的年代，佛教天然的敌人自然不会允许莫高窟继续修建，甚至他们都不许汉人在这里生存。
从明朝嘉靖年以后，敦煌实际上已经荒漠化了，由于战争的杀戮和中原王朝的放弃，这里就连最基本的郡县制都废除了。
没有城市，没有乡镇，一切回归游牧生活，城市变成了小镇，小镇变成了废墟，农田变成了沙漠或者放牧的草场。
农耕文明彻底被抛弃，这片土地又退回到了很久以前的游牧文明！
幸好漫天的黄沙掩埋了那些佛教洞窟，所以这些艺术瑰宝并没有得到那些汗国的注意，这才没有出现大规模的破坏行为。
敦煌这一片荒漠一直到康熙年间才再次见到中原人的脚印，康熙朝后期清政府逐渐恢复了对西域的控制，一大批汗国开始向清政府称臣纳贡。
直到雍正朝才恢复在敦煌设立军事卫所，史称沙州卫！同时迁甘肃移民2400户，并抽掉部分老兵军垦，这才逐渐让敦煌恢复了一点生机。
由此可见，明嘉靖朝一直到康熙时期，敦煌这里基本上就是废墟了，毫无城市建设只有零散的牧民聚集。