抗战胜利，他应教育部之请，担任接收台湾教育机构特派员，尤以台北帝大为重要工作。因他在日本二十年。深知日本民族之心理，以中国知识分子的豁达大度，对台大的一切设备、数据、制度乏维护，可谓尽心尽力。当时日本人尚未遣返，对马教授之学术地位及处理方式皆极尊重，但他坚不任官职，创办地质系、海洋研究所，带领学生，潜心研究，并纽调查团队前往兰屿、南沙、钓鱼台各岛，写《石油成因论》，对台湾资源之开拓有莫大影响。之后发表“古气候与大陆漂移之研究”系列近二十篇论文，证明地壳滑动学说，引起国际地质界的研讨与肯定。
马叔叔的家在青田街，当时是三条通六号。一条条窄窄的巷子，日式房子矮矮的墙和木门，门不须敲，推开就进去了。有个小小的日式庭院，小小的假山和池子，像玩具似的，倒是沿墙一排大树有些气派。开了门是玄关，上面跪了一个女子（不是坐，也不是蹲的，是跪的），用日本话说了一大堆大约是欢迎之类的话。那位名唤“锦娘”女子的面貌，我至今清晰地记得，因为她那恭谨中有一种狡黠，和她的日本话一样，是我以前未见过的。每个人都脱了鞋，穿上锦娘递上的草拖鞋，进了房间，走在榻榻米上好似走在别人的床铺上一样，连迈步都有些不安。她做的菜是真正日式的鱼，烤、炸、味增汤，第一次吃颇觉得可口。
坐在厨房外面走廊上，有一个很瘦的中年车夫，腰带上系了一条白色毛巾，他们称他“秀桑”，侧院里停了一辆黄包车，是台大派给马叔叔的公务座车（他那时代理理学院长）。马叔叔大约重八十公斤，高一百八十公分左右，秀桑大约重五十五公斤，高一百七十公分。但这不是重点，重点是那辆公务车的手拉杆，马叔叔第一次坐上就断了，修复后再坐又断了，所以不能修好后再坐，而车夫是校方正式名额的员工，每天要上下班。我到后，去台大外文系“看”工作，马叔叔吩咐秀桑拉我去学校，下午送我回青田街，他即可以“履行公务”，否则可能被删除名额，而他一家数口靠此薪水活命。
我坐了两次，秀桑一路用日本话（他们不懂中文国语）对我表示感谢之意。我“就职”后，把米、煤、配给票都给他，还引起同住马家的一对助教嘲讽“摆阔”。我第三次坐院长座车时，“行驶”在新生南路的田野小路上，突然警觉，幼年时父亲不许我们坐公务车的原则，立刻下车走路。