途经飘渺城时，姬发被飘渺城主抓获，并以他为诱饵妄图消灭西岐。幸得白毛虎、朱雀等人的帮助，姬发练成了女娲的绝世神功——浑天宝鉴，并同姬昌，绿毛老祖一起，将飘渺城恶势力全部铲除。
抵达朝歌面圣后，姬发被大祭司与魂祭司夺取了三魂，想要将其炼成灵人代替龙龟护佑商朝国运。幸而姜子牙、姬考等人及时赶到，力战两大祭司，帮助姬发成功脱离险境。
为了给姬发还魂，一行人奔赴魔教，向魔君借取天帝之剑。并与南楚王鄂祟禹率领的申公豹、天母圣姬、雷电门等高手在南楚三域展开了恶战。正当战斗激烈进行之时，姬发在三域之一的仙域巧遇天帝之女，并从其口中得知了一段上古神魔之战的往事。在天帝之女的帮助下，姬发顺利得到天帝之剑，重新夺回了三魂，也解开了自己是天帝传人的身世之谜。
当姬发经历磨难之时，师承元始天魔的纣王也在不断的修炼天魔功，以求成为天下无敌的王者。然而其师元始天魔野心勃勃，想要夺取皇位，登基为王，于是纣王集合一尤子、魔帅等众多高手，联手将元始天魔铲除，而纣王也吸取了元始天魔的功力，成为了大天魔的传人。
魔性越来越重的纣王，不断吸取了众多高手的功力据为己用，更加害了姬发的父亲姬昌与兄长姬考。背负家仇国恨的姬发，也领悟了天帝之剑的奥妙，练成了足以与纣王抗衡的天剑神功，于是高举义旗，兴兵伐纣。
朝歌城外，牧野之郊，一场关乎天下苍生命运的战争即将开始。天帝传人姬发与大天魔传人纣王，两个背负着上古神魔意志的人展开了最后的决战。阴险狡诈的纣王，将姬发引入商朝皇陵，想要利用皇陵帝气将其