【组合组织】
美国最大的黑手党组织，首领管控严格等级分明，表面是按照资本排名，实际上内部人员之间关系匪浅，被成员认为是外表冰冷内心火热的资本家园。
〈菲茨杰拉德〉
为拯救妻子不择手段的组合首领，在得到西欧方面的消息，认定白鲸实验室可以用病毒实验拯救妻子。
锁定公职机关漏洞百出的横滨作为试验地，因为牺牲平民和挟持横滨内心饱受煎熬，不惜雇佣贫苦人员作为临时工，对其暗地裏提供帮助，深受爱戴。
内心温柔火热，本质上不喜欢金钱带来的附属品，只喜欢幸福。
〈爱伦坡〉
威尼斯计划的受害人，极端疼爱作为自己克隆体的太宰，但在国家利益和大局观面前，认为太宰作为自己家人是可以选择牺牲的。
幼年曾饱受痛苦，利用太宰对自己的敬重培养其作为自己的接班人，不想太宰直接深入威尼斯组织，发誓一定要保护唯一的弟弟。
血统成谜，拥有一双异常美丽的紫色眼睛，担心被发现而用刘海遮挡，克隆体的太宰反而没有这样美丽的眼睛。
严重社恐，生气太宰不和自己撒娇，生气乱步不和自己提要求，害怕聚会过生日，伏龙芝军事学院高材生，特殊人才级别特工，作为家族继承人之一暗中培养。
现在是埃德加家族唯一继承人。
没有忘记当年幼小的太宰发誓保护哥哥的样子，亲兄弟阴差阳错渐行渐远。
〈约翰斯坦贝克〉
底层成员，家境贫寒，在组合组织寻找到生活的意义。约翰得知菲茨杰拉德暗中资助家人并未点破，威尼斯组织想要拉拢的突破口，正在努力整合组合组织，期待有朝一日组合组织恢覆曾经的光荣。
被人称呼为“小葡萄”，乐观开朗，对生活仍有期待。
〈马克吐温〉
组合组织的元老级人物，射击高手，出于礼貌帮助菲茨杰拉德，实际上消极怠工，认为现在的组合组织不适合自己。
【白鲸实验室】
以各种病毒药物实验作为研究课题的神秘组织，最初目的只是好奇先进的科学，后被有心人利用成为人体实验组织，受多方牵制酿成一系列惨剧，其首领用新闻方式发出求助，被绫辻行人截获，转发给可能利用白鲸实验室的组织，引起世界黑手党的动荡和观望。
曾制造出大量病毒，导致洩露，酿成镜花父母死亡的惨剧，也是导致梦野久作等实验体多年来长不大的罪魁祸首。
【西点军校】
〈绫辻行人〉
日耳曼血统的天才，生长速度缓慢，年近三十依旧看起来像十七岁高中生。身材高挑纤细，举止优雅仪态风度翩翩，拥有一双美丽的森林色眼睛，防止被发现一直用橙色墨镜遮住。
某次血统清洗事件的幸存者，对自己的生存抱有愧疚。外表冷硬，实则上心软爱哭，为了牵制特务课，保护京极和横滨而坚强独立，见崎鸣和太宰的老师，乱步和爱伦坡的至交好友。
住在横滨的时候经常和乱步拌嘴，外人看起来不过是高中生吵架，只有熟悉的人才知道这二位年纪已经可以成家立业。
疑似为神威最喜欢的孩子，希望和京极夏彦长久的相互纠缠，为了延长京极的寿命和特务课做交易。
一生孤独，深受无数人爱戴，其美好和风度已成为传说。
布娃娃终极爱好者，各种各样的娃娃堆满了仓库和卧室，担心布娃娃见光黄化，在家窗帘禁闭不见阳光，绫辻行人因此皮肤白皙到令人惊嘆。
〈见崎鸣〉
上海姑娘，威尼斯计划的意外受害人，父母为揭发奶粉坑害幼儿而意外死亡，自己被诱拐进山中饱受折磨，深爱绫辻行人又了解恩师的心软，从未告白，为报恩用一生换取行人自由。
深得绫辻行人信任，真心渴望好女孩可以成为绫辻行人的新娘。
克隆体藤冈未咲是绫辻行人和威尼斯计划接触得到，见崎鸣并未点破恩师想哄自己开心的想法。
〈藤冈未咲〉
见崎鸣克隆体，深知自己命不久矣，并未和任何人产生羁绊，主动请缨为横滨和姐姐牺牲成为感染病毒的实验体，暗恋爱伦坡但无人知晓。
未咲死后，实验体任务由太宰接手。
【mimic】
西欧遭受背叛的军人们组成的组织，核心成员相互扶持，战斗力极强，至今没有稳定的大本营，双核心是安德烈纪德和织田作之助，和天人五衰组织达成协议，相互帮助。
有一个流落在外的失忆成员兰波至今消息全无，安德烈依旧在寻找。
认定私仇为魏尔伦和太宰。
【公职机关特务课】
横滨政府机关的代言人，由多个部门构成，是横滨最大的间谍组织，培养出无数优秀间谍，以横滨整体发展作为第一利益，不惜一切代价毁灭拖后腿的部分，曾放任无数个贫苦民众受害的黑色事件，借此保护大多数。
〈阪口安吾〉
间谍组织二把手，机密檔案持有者，为人正直善良，会对力所能及的事当仁不让，尽可能争取好的结局，固执到不听别人说话。
也是太宰最好的朋友，泉镜花一家的恩人，坚持认为太宰对自己的怨恨是闹小孩子脾气，长大了自然会懂，以横滨的安定作为第一利益，第二利益才是私生活和太宰，重情重义。
曾经用中也来提醒太宰，他不是一个人活着，一定要珍惜生命，成为对方的心理压力。
〈辻村深月〉
爱慕绫辻行人的女特工，在得知京极夏彦的故事之后心痛不已，憎恨杀死行人的京极，得知杀人任务是公职机关高层的命令，绝望以后再次站起来。
其母辻村局长也叫辻村深月，为害死绫辻行人的真凶。
【威尼斯组织】
一个庞大的人体实验计划，继承者代号为26个字母，渗透在世界上每一个角落，初代实验体为菲茨杰拉德的妻子，失去免疫力而死亡，末代最佳实验体为费奥多尔－d，正在进行血统清洗的勾当。
从十五世纪开始，技术和记忆由历代继承人传承，这一代记忆吸取计划执行人魏尔伦。
某次血统清洗后，幸存者仅为乱步和绫辻行人，组织认定乱步和绫辻行人才是血统最纯正的人类，将要大量进行人体实验。
覆制太宰作为爱伦坡的克隆体和器官移植库，利用不合格奶粉筛选带有某种基因的幼儿，将特殊基因註射进胚胎中，残酷无情的手伸向世界的每一个角落……
绫辻行人死后，江户川乱步带领的反击联盟正式对威尼斯计划宣战。