神奇宝贝无印篇
在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入神奇宝贝球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。
参加石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得gs球，小刚暂时留在内木博士处。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把gs球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把gs球交给桧皮镇的钢铁先生。再次，小智参加了神奇宝贝联盟－城都联盟的白银大会。
神奇宝贝超世代
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城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分离了。小智重新出发，基于想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
神奇宝贝钻石与珍珠
对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智则受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。
神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日·日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。
神奇宝贝超级愿望