左宗棠深知回军和捻军联合后加难以对付因此他向清廷进陈方略说：“方今所患者捻匪回逆耳以地形论中原为重关陇为轻；以平贼论剿捻宜急剿回宜缓；以用兵次第论欲靖西陲必先清腹地然后客军无后顾之忧饷道免中梗之患”
又说：“进兵陕西必先清关外之贼进兵甘肃必先清陕西之贼驻兵兰州必先清各路之贼然后饷道常通师行无梗得以一意进剿可免牵掣之虞”
这个方略核心是“先捻后回”、“先秦后陇”关键则是“不令捻回合势”
7月左宗棠所部楚军近二万人由湖北樊城分三路到达陕西按照其“先捻后回”既定方针以先期入陕刘松山所部老湘军、郭宝昌所部皖军、刘厚基所部湘军和到高连升部楚军共二万一千余人进攻捻军以帮办刘典所部楚军和黄鼎所部川军共八千余人驻陕甘边界对付回民起义军
其余楚军万余人分驻凤翔、宜君、华州、华阴、渭南、临潼等地策应各军为“兼讨回捻之师”西捻军识破了左宗棠阴谋迅速跳出包围圈回民军配合下向陕北挺进与此同时陕甘回民起义军仍不断从甘肃进入陕西与西捻军共同抗清
1月至11月间西捻军和回民军取得了连克陕西安塞、延川、绥德等城胜利左宗棠智穷力竭不得不上奏“自请严议”
可是由于民族和宗教信仰不同等原因回民起义军和西捻军联合沒能得到进一步发展一直处于“时离时合”松散状态既沒有统一组织形式和集中领导也沒有共同作战长远计划
由于回民军领导权又掌握上层贵族手里强烈狭隘民族主义思想让回军排斥捻军回民军与西捻军之间互相攻杀事件时有发生使得回军和西捻貌合神离
之后西捻军为救援东捻军由宜川东面壶口渡过黄河进入山西回民起义军陕西处于孤军作战不利地位
左宗棠率清军主力入晋追击西捻军几路人马围攻之下捻军首领张宗禹投河自西捻大部肃清只有少部分捻军尚留甘肃
此时左宗棠参加镇压西捻军之后回到西安他以陕西大局已定遂加紧进行甘肃各项整肃
第一整顿部队
驻陕清军除左宗棠所部楚军外还有刘松山老湘军、郭宝昌皖军、黄鼎川军等；驻甘清军为庞杂这些部队不但待遇差别很大而且编制很不统一有名为一营实际只有二三百人有则多至数倍为了整齐划一左宗棠下令淘汰疲弱一律按楚军编制加以整顿统归其指挥同时陕甘就地招募兵左宗棠和刘典直接统辖楚军就有步队五十五营、马队十五营共三万人左右
第二诱降饥民武装
西捻军退出陕西、回民起义军大部转入甘肃以后董福祥领导饥民武装仍陕北一带活动对清军威胁很大董福祥与金积堡和董志原回民起义军都有联系是左宗棠进攻甘肃一大障碍于是左宗棠榆林、绥德、延长各驻一军截断董福祥东渡黄河之路；又派刘松山率部从山西渡过黄河由绥德西行直逼董福祥根据地镇靖堡刘松山通过收买董福祥父亲董世有诱使董福祥投降
刘松山收其众十多万人从中挑选精壮按楚军编制编为“董字三营”由董福祥、张俊和李双梁各带一营董福祥投降不仅使回民起义军失去了一支同盟军并直接威胁到金积堡和董志原安全
第三改革税收机制
陕甘地区仿照福建做法开办商贾货厘也就是商品税按照商品价值收取百分之二
招募廉洁朴实士绅管理厘局商品税收支数额每月张榜公示设总局由西安知府裕麟总管将税收转入军需局
厘税制度剔除了漕粮积弊原漕粮浮折官私取给规定按每石谷子交纳六两银子
而当地谷价贱跌当年一石谷只值四百钱二千四百钱才能换到一两银子农民用谷子换钱再用钱换银子完纳漕粮苦不堪言一个年收入百石谷子家庭折合银子去交公粮要用掉三分之一谷子于是拖欠日益积累
左宗棠通令各州县废除旧规按照户部规定章程每石谷子交纳三两四钱银子其中地丁四钱漕米折色一两三钱加上军需一两三钱每石谷子增收四钱归县里使用左宗棠要求各地根据自己收入加减定额
这种办法既减轻了农民负担又增加了财政收入作为农业家左宗棠看出漕运、商事税收弊病行之有效改革让陕甘地区农业、商业恢复了生机