不过，话说回来，袁世凯是不好对付，但在皇权体制下，袁世凯何尝不慌张？当他从庆王府听到“将对袁不利”的消息后，也是惶惶然如丧家之犬，无计可施。
1909年1月2日，在严办袁世凯的流言声中，袁世凯迎着冰冷彻骨的寒风，像往常一样前往内廷（载沣主政后，每日都要召集军机大臣商议朝政）。当他走到殿廷的时候，早被买通的当值太监拦住，偷偷地说：“今日摄政王怒形于色，袁大军机可不必入内。听说严惩谕旨即下，恐怕对袁大军机不利，还是早筹自全之策为妙。谕旨如何严峻，则非我辈所能得知。”
袁世凯听后，犹如被打了一闷棍，他在脑海一片空白的情况下，失魂落魄地走回了自己家中。待到稍微清醒，袁世凯急忙把自己的幕僚亲信召来商议对策。属下张怀芝说，情势危急，不如立刻前往火车站乘三等车前往天津，毕竟直隶总督杨士骧是自己人。袁世凯听后立刻起身收拾行装，并在张怀芝等人的保护下前往天津。为防不测，袁世凯不敢到天津本站下车，而是提前一站让张怀芝给杨士骧打电话，让他派人来接。
杨士骧倒还镇定，他接到电话后让袁世凯万万不可来督署，也不能让人看见他的行踪。正当袁世凯气恼之时，杨士骧的亲信很快登上火车。他带来了北京的最新消息，说袁世凯“罪只及开缺，无性命之虞。”袁世凯听后这才长舒了一口气，随后立刻回京，预备明晨入朝谢恩，不然将会引起更大的麻烦与风波。
此时的袁府早已是陷入了慌乱当中，袁世凯失踪的消息在北京城中不胫而走，一时间谣言纷纷，有人说袁世凯被秘密处死的，也有人说袁世凯畏罪自尽的，一时纷纷扰扰，闹得是鸡犬不宁。直到后来，主持军机大政、负责找寻袁世凯的张之洞听说老袁已经回来的确切消息后，他心里的一块石头才算落了地。事后，老张忍不住对左右调侃道：“人家都说我是‘有学无术’，袁世凯是‘不学无术’，我看哪，他不但有术，而且是多术，你看他这次仓皇出走，能找的地方我都找遍了，谁能知道他躲在哪里？我现在算是知道什么叫‘术’了。”
第二天，袁世凯终于见到了那道上谕：“内阁军机大臣外务部袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极复予懋赏，正以其才可用，俾效驱驰。不意袁世凯现患足疾，步履艰难，难胜职任。袁世凯着即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”
三天之后，袁世凯怀着无比的委屈和幽怨，带着他的姨太太和亲信们，离开了北京。谁说袁世凯位高权重、不可一世？慈禧太后在死前将他从北洋大臣调入军机，他不也只能乖乖地交出兵权？如今摄政王载沣命他“回籍养疴”，他不也只能磕头谢恩、跌跌撞撞、抱头鼠窜而去，哪里还敢说半个“不”字？在皇权专制制度下，能保住一条性命已属万幸，足见专制之毒，不言而喻。
袁世凯被排挤出京后，其私党一个个清除，清末的政坛也再次发生或大或小的地震：杨士骧于当年去世，端方接任直隶总督；张之洞去世；邮传部尚书陈璧被革职；徐世昌内调邮传部尚书，东三省总督由锡良接替；黑龙江布政使倪嗣冲被查办；民政部侍郎赵秉钧被斥，载沣接管警政；江北提督王士珍自请开缺，等等。随后，载沣又派自己的弟弟载洵做了海军大臣，另一个弟弟载涛做了军咨处大臣掌管陆军。载沣的这些措施，其实都是那次出访时德国皇帝教导的，那就是：军权一定要掌握在皇族手中！
打虎亲兄弟，上阵父子兵，载沣三兄弟看似掌握了军政大权，但袁世凯的势力实际上远未拔除。事实上，载沣并不是主政的合适人选，在他的治理下，慈禧太后死后导致的威信真空进一步加剧，而清廷软政权化的趋势也变得更加的严峻。
载沣的性格天生就比较软弱，口才也不好，在公开场合话不多，也没有什么热情。他这个人从小就对政治没什么兴趣，据说他的房中悬有一联：“有书大富贵，无事小神仙”；团扇则录有白居易的一首诗：“蜗牛角上争何事，石火光中寄此身。随富随贫且随喜，不开口笑是痴人。”
最要命的是，载沣当时只有二十六岁，他太年轻了，也缺少政治经验。想和袁世凯斗，他恐怕还嫩了点。