东京，米花町，工藤宅。
工藤夫妇，赤井秀一，安室透，灰原哀以及阿笠博士几人难得的聚集在一起交流，他们这次商议的，是关于，江户川柯南的离奇失踪。
江户川柯南，原名工藤新一，是个有名的高中生侦探，被誉为日本警察的救世主。
在一次意外目睹了神秘组织的非法交易后，被一名组织成员灌下了名为aptx4869的药物，身体奇迹般地缩小了。
为了拿到恢覆身体的解药，他住进了父亲是经营侦探事务所的青梅竹马，毛利兰家中。
在追查黑衣组织的过程中，他了解到，组织的核心成员都以各种酒名为代号，全员一身黑衣，势力涉及政治，经济，生物医学等多个领域。
在此期间，他先后结识了同样服下aptx4869原名宫野志保现化名灰原哀的黑衣组织科学家，她在叛逃之前是组织裏负责研发药物的高级成员，代号雪莉。
现在正潜伏在组织内收集情报的日本公安，警察厅警备局警备策划科零组成员降谷零，他对外化名安室透，组织代号波本。
曾经化名为诸星大卧底组织获得黑麦威士忌（简称莱伊）代号，设计秘密逮捕琴酒失败后身份暴露撤出组织的fbi王牌搜查官赤井秀一三人。
原本安室透和赤井秀一因为同为卧底的苏格兰威士忌暴露身份自杀的事情，一直针锋相对。
但为了覆灭组织这个共同的目的，两人在工藤优作的从中斡旋下勉强握手言和。
至此，代表fbi与日本公安的两方正式统一战线，展开了一系列针对组织的联合行动。
某地……
安室透带着一顶帽子，帽沿压的很低，几乎遮住了大半张脸，只隐约露出他微抿的嘴角。
他看着手机屏幕上来自组织没有署名的邮件，皱起眉头思索了半晌，然后像是下定了某种决心般，将因为长时间未操作而屏幕自动变黑的手机收进上衣的口袋裏，转身向着工藤宅走去。
“你怎么会在这裏，赤井秀一。”安室透看见坐在大厅沙发上做冲矢昴打扮的赤井秀一，额角就是一跳。
“我暂时借住在这裏，我以为你知道。”赤井秀一一副温和老好人的做派。
就是因为他这种样子安室透才格外觉得火大。
奈何这一趟过来确实是有正事要说，安室透索性眼不见心不烦的坐到另一张沙发上，假装看不见某个总是莫名让人感到恼火的fbi。
工藤优作原本是在楼上的书房写新书的书稿，这会儿刚下来，就看见了在客厅裏气场格外不对付的两个人各自沈默。
“安室先生大晚上的到这裏，是有什么要事吗？”
工藤优作的出现缓和了两人之间的气氛，安室透正了正神色，说到：“我今天下午的时候，收到了组织boss的邮件。”
他这一句话，让工藤优作和赤井秀一的神色都凝重了几分。
在组织裏，能和boss直接联络的成员很少，哪怕像是波本这种在代号成员中地位也算很高的人，也只能和组织的二把手朗姆联系。
“说了什么？”赤井秀一直接了当的发问。
“他……”安室透刚说了一个字，工藤宅的门铃就再次被按响了。
是阿笠博士和灰原哀从隔壁过来了。
工藤优作只好先起身去开门。
阿笠博士和灰原哀刚进门，在客厅环视了一圈，灰原哀就砸下一句，工藤失踪了。
这句话正好也被刚刚从楼上敷完面膜来到大厅的工藤有希子给听见了，她于是赶紧走到灰原哀面前问道：“哀酱，小新失踪了？”
灰原哀和阿笠博士也在大厅的沙发上坐下，两人你一言我一语的说清楚了事情的经过。
今天下午的时候，少年侦探团的孩子们和阿笠博士灰原哀工藤新一等人又双叒叕遇见了案子，但是无论怎么调查，那都像是一起意外事故。
死者曾经有过前科，但是因为证据不足无法被起诉，案件最后于是不了了之，今天死者所遭遇的意外「恰巧」和他曾经的作案手法有着高度的重合。
不同的是，死者所设计的案件有着明显人为的痕迹，只是缺少能够指证死者是凶手的证据，今天的案件则像是完全的意外。
“违和感太重了，这不是意外，是确确实实的谋杀。一定有什么我忽略了的细节。”灰原哀模仿着工藤新一说话的语气，“然后他就风风火火的跑出了案发现场。”
“大概七点三十分左右，也就是一个半小时前，小兰打电话过来说柯南这么晚了还是没有回毛利侦探事务所，问柯南是不是在我这边……”
阿笠博士接着灰原哀的话继续说道：“我骗他说新一已经在我这边住下了，明天要和孩子们一起出去玩，糊弄了过去。然后打了新一的电话，却发现他的电话不在服务区。”