这次的舞臺是数码世界的起源-过去的世界。被卷入爆炸而失去记忆，飞往过去的世界的秋山辽，在核心电脑电子数字积分计算机的指示下和角龙兽组成拍檔并藉着电子数字积分计算机的力量飞往过去数码宝贝1（太一等人冒险的时候）、未来（数码宝贝2）、异世界（数码宝贝3）等平行世界中各地的数码宝贝协力。阻止同样是因爆炸而飞往未来世界，还进化成最终千年兽的侵略，守护数码世界的历史，最后，终于四度击败千年兽，并将千年兽与角龙兽强制融合，进行了数据的混乱，千年兽因此引爆并消灭，为这长久的宿敌之战打下了终止符。
这之后就是02的剧情
●2002年2月10日【当黑暗种子发挥作用之时】
2年后，小贤升为小学五年级，变成了通晓8国语言，小学5年级就有超高的电脑操作技术，在各方面都表现杰出的天才少年。在与秋山辽的大冒险之后，被黑暗种子附身的小贤，在哥哥死后进入数码世界的黑暗之海把数码机染黑并升级成第一臺d-3。
因被植入黑暗种子，引发黑暗面（可以说是另一人格的暴龙改造者（一乘寺贤）当上了数码皇帝（他变成暴龙改造者是因为收到及川悠纪夫（即变种吸血魔兽）的一封电邮而变成的）
，大肆破坏数码世界，捕猎数码兽并加以改造成无敌的数码兽，绑架太一的亚古兽并用黑暗魔环套入亚古兽的脖子，并要求其进化成机械暴龙兽，谁知道却进化成丧尸暴龙兽，其后丧尸暴龙兽因为没有力量的关系退化成亚古兽，暴龙改造者把新的邪恶螺旋环安在亚古兽身上，其进化成病毒型的机械暴龙兽。机械暴龙兽攻击新的被选中的孩子、太一及阿和。其后在与大辅的战斗中大辅亦找到了属于友谊的装甲，v仔兽装甲进化终于成雷龙兽，并与加鲁鲁兽合力把黑暗螺旋环破坏，令亚古兽变回正常状态。基米拉兽是暴龙改造者集合了比多兽的头部，天使兽和飞龙兽的翅膀，恶魔兽、丧尸暴龙兽和古加兽的爪，角龙兽的尾巴，加鲁鲁兽的双腿，更有暴龙兽的身体和机械暴龙兽的头发而融合成的数码兽，它理论上不能征服，走来走去破坏数码世界。他的攻击是如此的有力以致于即使和它察肩而过时，也会受到伤害。后来虫虫兽牺牲了自己，让金甲龙兽消灭了它。（最后，发生了几年前的事情：它神秘地跨越了时空，在1999年和逃走的残存的四天王--机械邪龙兽合体，进化成了千年兽……但千年兽后来被秋山辽消灭，死前放出无数黑暗种子，打中了小贤，使他后来成为了暴龙改造者，千年兽自己虽然死去，它的灵魂却未消失，进化成月之千年兽，继续和秋山辽战斗，给他制造麻烦……从时空角度来看，小贤被植入黑暗种子、成为暴龙改造者并造出基米拉兽或许是一种必然）后来虫虫兽的死令暴龙改造者恢覆成一乘寺贤
作者有话要说：