14时25分，“扬武”号以主炮命中“杜居士路因”号的舰桥，重达150磅的炮弹把单薄的舰桥彻底摧毁，舰长及所有舰桥人员7死17伤。
“扬武”号上响起一片欢呼声——明军眼看敌舰舰桥消失在火海中，误以为已经干掉法军指挥系统了。
法弥斯人始终没有挂将旗，这让明军上下大部分人都产生了误判。
但是随后，“杜居士路因”号就以一发190mm炮弹还以颜色，这枚炮弹从炮舰“永保”号右舷前方穿入，沿途击穿所有甲板隔层，一路钻进锅炉房才爆炸！
战后，当时跟在“永保”号后面的“琛航”号上，一名补充来的海校学员这样描述接下来的场景：
“永保前方中弹，随后剧烈哆嗦起来，烟囱周围冒出大量黑色煤烟，一开始没有看到火光，我还以为是交通艇在燃烧，不过它慢慢停了下来，我们不得不打左满舵，从永保身边绕过去，但当我们平行的时候，永保爆炸了……。”
炮弹引发“永保”号锅炉爆炸，仿佛有一条火龙从其舰体中部击穿甲板窜上半空，这艘标准排水量1260吨的炮舰迅速淹没在浓烟和烈焰之中，各种细碎的零件被抛向天空又如雨般洒落，甚至造成“琛航”号上5人受伤。
事后只有1名幸存者游泳回到岸上，另有两人被闽省地方水师的福船救起，包括临时上舰补充缺额的海校学员在内，110名官兵中有107人阵亡。
“永保”号的沉没不仅使明军损失了一艘主力舰，还是法军反攻的号角。
趁着明军主力围攻“杜居士路因”号的机会，其他8艘法舰全部进入马尾港，周边的岸上炮台和明军第二舰列发炮阻击，但5艘小型炮舰上区区10门70磅前膛炮无法给法军造成任何威胁，海岸炮台的18磅红衣炮就更不用提了。
8艘法舰转向后，立刻以侧舷全部火力轰击明军，炽热的火力迅速淹没了单薄的明军第二舰列。
孤拔分配火力，巡洋舰“费勒斯”号轰击“振威”号；“拉佩鲁斯”号轰击“福星”号；炮舰“益士弼”号对付“福胜”号；“野猫”号对付“镇涛”号；“蝮蛇”号对付“艺新”号。
法军旗舰“窝尔达”号则率领巡洋舰“德勒丹”号，“尼埃利”号增援还处在被围攻状态中的“杜居士路因”号。
“伏波”号、“飞云”号、“济安”号纷纷转向迎战，只有刚刚驶出“永保”号爆炸产生的烟雾区的“琛航”号一门心思与旗舰“扬武”号一起继续围攻“杜居士路因”号。
海战分化出三个小战场，明法双方19艘近代化蒸汽战舰拥挤在狭窄的港区内，乱战一团。
……
“我们输了。”
在距离岸边1200米外的一个半山腰上俯览战场的孙笑对张青说道：“洋鬼子都冲进来了，接下来就是他们发挥火力优势一个个击沉我们的时候了。”
“我看我们打得挺好的，张提督那边不是还在打洋人的旗舰吗？”张青的语气饱含期待：“只要打沉那艘船，我们……”
“那艘不是旗舰。”孙笑毫不客气的打破张青的幻想。
“不可能，那艘船最大！”
“最大也不见得就是旗舰，法弥斯人又不傻，他们需要强冲港口，第一艘船必然被集火，怎么可能让旗舰冲在最前面。”
其实，孙笑认为“杜居士路因”号不是敌人旗舰的原因还有一个，那就是原本历史上孤拔就是乘坐此战法军最小的巡洋舰“窝尔达”号参战的，只不过这个理由没法跟别人说。