当时摇天动、黄龙等十三家贼兵在四川横行。
有一个叫秦缵勋的人，是秦良玉的族人，给贼兵当了耳目，被捉拿后杀死狱卒逃跑了。
良玉抓获了他，把他交给了官府，他的手下也没有一个逃脱。
遗憾终老
崇祯十六年(1643年)，张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川。
秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘。
但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年(1644年)，张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。
张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说:
“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立!“
于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
隆武二年(清顺治三年，1646年)，远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯(钱海岳《南明史》为忠州侯)。
同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。
清顺治五年(1648年)，秦良玉去世。
崇祯十七年，张献忠攻陷四川，于成都称帝后派人招降四川各土司。
秦良玉军事力量弱小，有建议投降的，有建议转移的，但秦良玉不肯投降反王张献忠。
作《固守石砫檄文》，誓与石砫共存亡。于是秦良玉分兵守卫各处险要，张献忠之前与秦良玉多次交战被击。
虽然现在势力庞大，却不敢靠近秦良玉守卫的石砫。
据传秦良玉死后发丧48处，事后埋葬的人又中毒而死。现存秦良玉墓有三处
:1，秦良玉墓，位于石柱县城东7公里的回龙山上。建于清顺治年间，总面积为320亩。
内有秦良玉墓，秦良玉衣冠冢、良玉子马祥麟墓、良玉兄邦屏、弟民屏及良玉后裔马光仁、马佑昭，麾下将官马德间等墓20座。
良玉衣冠冢前，有石俑、石马、石羊、石狮等石雕分列两旁，气势庄严;
2，秦良玉东墓，墓碑上刻有“秦良玉之墓“五个大字，旁边则刻有:“明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官挂镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞侯“铭文
;3，秦良玉西墓，主碑上刻有:“马母秦氏贞素之墓“。两旁则分别刻:“明万历二年甲戍岁吉诞“;“卒于清顺治五年戍子岁“;“孝男马祥麟立“等铭文。
秦良玉祠又称太保祠，始建于清朝乾隆壬午年(公历1762年)。
嘉庆19年(1815年)进行修葺。后改为村小学校。
再后来惨遭破坏，但窗花、浮雕、字碑依稀可见，远看秦家祠堂风光尤存。
现已列为重庆市一级保护建筑。