偷袭玛瑙湾的成功，与山田五十六提前在湾内布置大量间谍、眼线有很大关系，他们就是山田的眼睛，将湾内的一切了如指掌，为那一次奇袭立下大功。
玛瑙湾事件发生后，只要是与萤川沾上边的人几乎都被集中看押起来，湾内实施全天候戒严。
特别是最近半个月，湾内三步一岗，五步一哨，无关者连远远看着军舰的机会都没有。
这让联合舰队几乎对玛瑙湾内，所有舰队的情况一无所知。
为了避免盲目投入作战，在战前山田五十六精心制作了代号为“K号计划”的空中远程侦查方案
按照计划，两架经过加装副油箱，涂装成星云国侦察机颜色的水上飞机，于6月12号半夜从太平洋上一处秘密基地起飞，在第二天下午两点，到达距离中途岛约200公里的一处无人小岛附近，由提前等在那里的一艘潜艇授油后再次起飞，在6月13号早晨4：30分到达玛瑙湾上空，趁着晨曦，完成对湾内太平洋舰队的侦查任务后返回。
但是这个经过仔细安排的侦查计划，在实施时出现了问题。
在6月12日，当那艘负责为侦察机授油的伊-123号潜艇到达那座无人小岛时，没想到那里已经停着两艘星云国的老式驱逐舰。
伊-123号潜艇连忙紧急发报。
K号计划被迫暂停。
伊-123号潜艇奉命继续在小岛附近监视，希望那两艘驱逐舰会离开。
但第二天，他们的希望完全破灭，那两艘驱逐舰不但没有离开，星云国反而接连派来工兵船，把这座岛变成了一座水上侦察机基地，并派兵驻守。
无奈，山田五十六只能放弃K计划。
这也意味着，他无法弄清楚目前玛瑙湾内，敌人究竟有多少兵力以及动向何处。
一招失败，山田又想出一招——潜艇警戒。
山田让小松海军中将在玛瑙湾与中途岛之间布置潜艇网，一旦太平洋舰队朝中途岛进发，潜艇警戒线可以第一时间发现并通报。
接到命令的小松海军中将不敢怠慢，为了确保联合舰队的安全，他在玛瑙湾与中途岛之间布置了三道潜艇警戒线。
然而，在浩瀚的太平洋上，人的力量十分渺小，一次台风大雨阻缓了小松派往该警戒线的潜艇的航程，本该在6月12日早晨到达的潜艇，因不可抗拒的自然原因，直到6月13日中午才到达。
而在十几个小时之前，最后离开玛瑙湾的J·弗莱彻的舰队，已经从这里经过。
更要命的是，小松的潜艇没有发现过去的太平洋舰队，所以山田五十六就想当然地认为，太平洋舰队没有朝中途岛行进。至少还留在玛瑙湾里。
联合舰队连续失去、错过，能够提前发现太平洋舰队舰队行踪的手段，所以山田五十六和他的参谋团队都认为，此次突袭战术又成功了。
之前被山田认为是不顺利的水手落水、运输船前方发现星云潜艇的风波，都被视为偶尔事件。
在广阔的太平洋里，偶尔从某个水域冒出一艘潜艇发报是再平常不过的事。之前对它产生警惕，皆因战时的草木皆兵。
可到了6月13日中午，情况有变。
这天，大雨依旧倾盆而下，有迹象表明，星云佬可能已经发现了联合舰队的意图。
因为〔大和号〕的无线电发现，这天从玛瑙湾发出的电讯明显增加，而且接收到的208份电报中，有158份是急电，这足以说明玛瑙湾里正处于紧张战备状态。
经过一番研究推测，再加上小松中将的潜艇警戒线没有发现异常，所以山田五十六的参谋们更倾向于玛瑙湾内的紧张，是因为佯攻阿留申群岛的福岛雄大中将的第五舰队——也就是北方舰队引起的。
自此，作为本次战役的大脑，山田五十六依然认为自己的计划成功了。就像他偷袭玛瑙湾的计划一样，正在向收获推进。
6月14号大雨停了，太平洋上依旧阴沉沉的大浪滔天，狂风怒吼，很快风小了，海面上开始聚起东一簇西一簇的浓雾。
山田五十六站在〔大和号〕舰桥室里，举着望远镜，只能勉强看到在1200米处执行警戒任务的驱逐舰，另外几艘相距较远的战列舰模糊轮廓，海风刮来一阵海雾，瞬间完全失去了能见度，相邻的舰队，彼此都在水雾里消失。
根据罗盘仪的指示，舰队已经到达中途岛以西大约1600公里的海域，正在朝西北方向行驶，距离助攻目标越来越近，〔大和号〕上的紧张气氛也越来越紧张。
中午时分，情况陡变。
一个值班情报官前来向山田五十六报告：派出侦查的伊-133号潜艇发来电报，在距离中途岛大约900至1100公里的海面上，发现了星云佬的巡逻部队。
这一消息如石落水中引起千层浪，参谋们立刻紧张起来，在海图上做各种推演。
十五分钟后，那名情报官又来报告，在威柯岛东北大约800公里的地方，发现一条由九艘星云国潜艇组成的巡逻线和警戒线。
这两份情报表明，对手有可能已经提前实施了严格的警戒和侦察手段。
参谋长宇垣缠少将眉头紧锁：“敌人可能发现我们了。”
起草这次行动计划的黑岛龟人大佐说：“难道敌人知道了我们的作战意图？”
参谋长和首席参谋官几乎同时发话，他们诡诈的眼神里含着恐惧。
所有人都在看着山一样的山田五十六。
山田五十六还像往常一样，脸上表情毫无波澜，双眼看着窗外。
黑岛龟人：“司令长官！是否把此事通知南云中将？”
因为这些情报表明敌人已经知道或者已经猜到帝国舰队向中途岛移动，而且看情况，他们早已严阵以待，等待己方前去自投罗网。
山田五十六缓缓转脸，看着黑岛龟人足足有七八秒钟不说话。
黑岛龟人连忙低下头。
山田五十六不语，继续看向窗外。
所有参谋包括宇垣缠都知道，司令长官不说话、不点头，就是否定。
此时的山田五十六已隐约猜到中途岛这边发生了异常，但他还是心存侥幸。
如果这个时候把这个消息告诉南云，以南云保守胆小的性格，接到消息后立即裹足不前，接下来大概率是想办法找撤退的借口。
可万一星云佬用的是疑兵之计呢？
这一计策，二战期间每个国家的军队和政坛都会使用。
所以他决定再等等看。
就在山田五十六决定暂时不把一系列情报告诉南云中将时，倒霉的南云舰队所在海域停雨了，但海面上升起了雾，而且越来越大。
连续恶劣的天气，让第一机动部队指挥官们的心情持续变阴。
雾越来越大，让人心惊胆战的一幕发生了，一艘正在行驶的驱逐舰与一艘巡洋舰之间发生了碰撞，导致数名水手落水。
虽然碰撞没有让两艘战舰伤筋动骨，但这一突发情况足够让众人心里升起一丝不祥的预感。
面对大雾，南云只能下令舰队减速。
为了看清队形中相邻的舰只，他吩咐各舰打开强光探照灯，保持彼此之间的距离，谨防碰撞。
但灯光怎么也透不过浓雾，在这种恶劣的天气下，南云只能取消舰队之前一直保持的十分钟一次蛇形机动。
南云和他的谋长草鹿龙之介以及值班高级军官，都聚集在〔浩瀚号〕的舰桥外面，默不作声地张望着前方，每个人的神情显得十分焦虑和紧张，他们时不时地端起望远镜，瞪大眼睛，尽力想把视线穿透前方迷蒙的雾墙。
但他们什么也看不见，太平洋好像有意阻止着来犯者，给他们无情地撒下了天罗地网。
自从偷袭玛瑙湾时没有启动第三批攻击群，南云就饱受争议。
有人说他的谨慎，导致星云国缓过一口气来。
也有人说，如果不是南云果断撤离，大概率整支舰队都会葬送在魔鬼海域。
虽然南云对此不屑一顾，但实际上这种对他两极分化的评价，让他在不知不觉中变得保守起来，他曾经的创新精神和激进冒险精神逐渐消失，被越来越多的谨小慎微所取代。
这一次，山田五十六重新启用南云，看上去是二人尽释前嫌，前者重用后者，以促进联合舰队的团结。
其实山田给南云的任务不但不好干，还是个烫嘴又烫手的烫山芋。
南云担任的任务有两项：
第一项任务，是在6月17日凌晨空袭中途岛，为登陆作战部队铺平道路。
这一任务，让南云的第一机动部队在运动上受到严格的限制——它必须围绕在中途岛附近。
第二项任务，是搜索并摧毁可能遇到的星云国舰队，这就要求南云有完全行动的自由，同时在搜索的过程中还得绝对保守，始终隐蔽舰队的动向。
很显然，山田五十六给南云这两项任务，是互相矛盾的。
当时南云问，这两样任务，哪一个更为重要？
山田给他的解释是模棱两可的——视情况而定。