第二次冲击不仅是一场生态大灭绝的天灾，也是一声战争的号角。
在四十亿年前沉睡的使徒们，正在陆陆续续地醒来，但因为它们那庞大而悠久的生命力，起床的过程注定是很漫长的。
而苏醒之后的使徒们会靠近亚当，将自己的生命本质回归亚当，从而引发第三次冲击，那样的话，所产生的影响是会波及整个地球的，地球上所有的生命形式都会被抹去。
为了阻止这一切，才有了E计划的出现。
虽然没有了初号机的驾驶员并不代表SEELE无计可施了，作为实验机型的零号机，还有真正意义上的定型款二号机的存在，都是可以投入实战的，他们相信，凭借自己所掌握的力量是可以把那些使徒全部打败掉的。
因为战场是他们选定的，在发现黑之月的土地上，他们改组了人工进化研究所，将其重新明明为NERV，意为神经元，并赋予了NERV极大的权限，可以获得基地所在地区行政与司法权，可以调动核武器之外的一切军事设备与人员。
修建了要塞都市第三新东京市，用以迎战使徒。
而能够确保使徒到来的原因，便是那第二使徒莉莉丝了。
使徒是毫无智慧的生物，人类靠着莉莉丝欺骗了它们，让使徒们误以为那里其实是第一使徒亚当。
可是，SEELE的目的不是什么阻止第三次冲击保护人类，而是执行人类补完计划，无数对这个计划一无所知的人以为自己肩负着伟大的使命，为其辛勤工作，殊不知，自己却是为毁灭人类种族的阴谋家而效劳，所有的努力都是在把人类推往毁灭的边缘。
而现在，意外出现了，最关键的那个道具消失了。
不过，对于SEELE来说，这并不是一件值得困扰的事情，因为他们掌握着克隆技术，黄金黎明可以说是世界上克隆技术最先进的组织了，而内部人员的调动，使得SEELE同样也掌握着克隆技术。
只不过，黄金黎明内部恪守着一个教条，那就是绝对不允许克隆人类。
但是对于与SEELE来说，就不一样了，他们毫无底线可言，其他人对于他们来说是愚昧的存在，是可以被使用的工具，仅此而已。
虽然失去了碇真嗣，但是，他们完全可以靠着克隆技术来复制出许许多多的碇真嗣。
碇真嗣的出生都是在SEELE的掌控之下的，获得他的脐带血不要太容易，并且，克隆人就不在是人类，而是流水线上制造的产品，他们可以丝毫不用顾忌地培养克隆体碇真嗣，把他打造成最为趁手的工具。
这种非自然诞生的克隆人，再加上人工药物催熟，必然会带来很严重的心理问题，
而这一切，碇源堂一无所知，他还以为自己的儿子被送到了亲戚家里，得到了妥善的安置。
在袁大古这边，那头超古代生物的培育也到了最后阶段。
大剂量的麻醉剂使得它一直保持着沉睡的状态，黄金黎明的工作人员乘坐着潜航机械，一点点地对其进行机械化改造，在大脑内植入控制芯片，在全身铺设超导线材的神经控制网络，在体表覆盖伪装用的装甲，散热系统等等。
仅仅是外部装甲，哪怕是采用了轻型材料，也用掉了上百吨的素材。
等到它完工以后，袁大古邀请了黄金黎明的加盟成员，一同到那位于北太平洋地区的秘密基地进行参观，以此来获得各地区的注资与权限开放。