尽管政变的混乱局面很快得到了控制，但在政党和国家领导层中，不同的政治立场却让苏联政局暗波汹涌。俄罗斯的最高苏维埃成员大部分是苏共党员，他们对叶利钦的政策已经越来越不满。军人出身的副总统鲁茨科伊也转而反对叶利钦大权独揽，并和车臣最高苏维埃主席斯兰哈斯布拉托夫结成了统一战线，对叶利钦构成了巨大的威胁。
双方在俄罗斯应该建立怎样的政体这个关键问题上发生了尖锐的对立。叶利钦主张建立总统制共和国，哈斯布拉托夫主张建立议会制共和国。
1993年9月21日，俄联邦总统叶利钦宣布解散人代会和最高苏维埃，并决定在当年年底举行新的立法机构联邦议会的选举。而人代会则针锋相对，不仅通过了弹劾总统的决议，而且还占据了白宫。
眼看事态没有和平解决的希望，叶利钦决心通过武力迫使议会向其低头。
10月3日叶利钦宣布莫斯科进入紧急状态，并调遣军队进入莫斯科。4日凌晨，俄联邦军队开始向议会所在地白宫发起炮轰，以特种兵部队打头，强行攻占议会大楼白宫，大批白宫武装守卫者伤亡，哈斯布拉托夫、鲁茨科伊沦为俘虏。这就是俄罗斯当代史上著名的炮打白宫事件。
而在处理这一事件过程中，普京又与索布恰克坚定地站在了一起，继续支持叶利钦的决定，而且成功地控制住了圣彼得堡的秩序。